Durante el Conflicto Armado Interno miles de personas fueron asesinadas. Hubo ejecuciones individuales, colectivas y masivas. Algunas eran selectivas y otras indiscriminadas. Su objetivo era eliminar a quienes se consideraban enemigos. Estos asesinatos se llevaron a cabo sin que existiera un proceso judicial a favor de las víctimas.

La Comisión de Esclarecimiento Histórico –CEH- registró un total de 626 masacres cometidas por las fuerzas de seguridad del Estado, de ellas, 420 ocurrieron en 18 meses (1981-1983).

A inicios de los años 80, se estima que entre 500 mil y un millón y medio de personas tuvieron que huir como consecuencia directa de los planes de campaña y operativos militares que el Ejército desarrolló para recuperar el control de la población civil en las áreas de conflicto.

Desaparecieron 45,000 personas. Las desapariciones forzadas sembraron el terror y el miedo entre la población. Esta forma de violencia fue ejercida sobre todo por el Estado, a través de instituciones como la Policía Nacional.

Muchas víctimas fueron torturadas. La violencia sexual también fue parte de la tortura. Aunque la tortura fue ejercida tanto por las fuerzas de seguridad del Estado, como por las organizaciones guerrilleras, se registran muchos más casos por parte del Estado.

El 99% de los casos de violencia sexual fueron contra mujeres, especialmente por miembros del Ejército. Según el informe de la CEH, las agrupaciones guerrilleras fueron responsables del 3% de los casos registrados de violaciones a los derechos humanos.  Una de las tres formas más comunes fueron el asesinato en forma de ajusticiamiento.  Las ejecuciones se hacían principalmente en contra de gente ligada al ejército, al gobierno y finqueros.