La población indígena fue la que sufrió las mayores consecuencias del Conflicto Armado Interno, pues las grandes matanzas estuvieron destinadas a frenar su participación política y a castigarla.

Con estas masacres, las acciones de “tierra arrasada“, las ejecuciones de autoridades, líderes mayas y guías espirituales intentaban desestructurar los valores culturales y romper las bases sociales de la guerrilla en el interior del país. En las masacres murieron hombres, mujeres, ancianos, niños, niñas y adolescentes. A muchas víctimas las mataron y depositaron sus cuerpos en fosas comunes.

Algunas organizaciones guerrilleras consideraron necesaria la participación de los pueblos indígenas, en la lucha revolucionaria por lo que ubicaron sus operaciones en las áreas indígenas. La mayoría de las comunidades consideraron su apoyo a ese movimiento político. Sin embargo, uno de los efectos más notorios de la represión a los pueblos fue el desplazamiento hacia otras zonas del país para sobrevivir y la migración hacia Estados Unidos, México. La organización campesina indígena fue muy importante y masiva con su participación en el Comité de Unidad Campesina (CUC),¹ ligas campesinas y otras organizaciones similares.²