Durante el Conflicto Armado Interno el 99% de los casos de violencia sexual fueron contra mujeres, especialmente por miembros del Ejército. Muchas de las víctimas también sufrieron torturas y violaciones sexuales previo a ser asesinadas.

Este tipo de violencia también formó parte de la tortura. En algunos casos, las mujeres fueron forzadas a vivir en campamentos militares con todo y lo que esto significaba (cocina, lavado de ropa y convivencia sexual con los soldados). Esto provocó la dispersión de las comunidades, rupturas en los lazos conyugales y en consecuencia, la desorganización. Generalmente tenía la intención de causar terror en la población y crear rupturas en las familias y comunidades. Las consecuencias eran embarazos no deseados, enfermedades de transmisión sexual, estigmatización y por supuesto, graves daños psicológicos.