Los 36 años que duró el Conflicto Armado Interno dejó 200.000 muertos, de los cuales 45.000 fueron desaparecidos, y un millón de refugiados. Durante los años de 1981 y 1983 se provocaron más muertes, dolor, violaciones contra los derechos humanos y destrucción en la historia reciente de Guatemala, particularmente contra la sociedad civil del país.

Se estima que entre 500 mil y un millón y medio de personas tuvieron que huir como consecuencia directa de los planes de campaña y operativos militares que el Ejército desarrolló para recuperar el control de la población civil en las áreas de conflicto. Muchas familias buscaron refugio en las montañas cercanas a los lugares donde vivían. Cerca de un millón de personas, de ocho millones que era la población en ese momento, huyeron temporal o permanentemente de sus hogares por las ofensivas. Se habla hasta de 150 mil personas refugiadas legal e ilegalmente en varios países, la mayoría en México.

Los grupos más afectados del conflicto fueron los pueblos indígenas. La CEH registró un total de 626 masacres cometidas por las fuerzas de seguridad del Estado. Las víctimas eran principalmente líderes sindicales, líderes de asociaciones estudiantiles y docentes universitarios, personas sospechosas de participar en organizaciones guerrilleras, campesinos. La CEH estimó que en total de violaciones a los derechos humanos registradas, 18% se cometieron contra la niñez, es decir, 1 de cada 5 víctimas era un niño o niña. Hubo miles de huérfanos, viudas y mujeres violadas.