La Secretaría de la Paz –SEPAZ-, fue creada en 1997, mediante el Decreto Número 17-97, del 12 de marzo de 1997, el cual fue sustituido por el Acuerdo Gubernativo Número 115-2001, del 13 de marzo de 2001, que la concibe como una entidad de apoyo, asesoría y coordinación del cumplimiento de los compromisos gubernamentales originados de los Acuerdos de Paz, con dependencia inmediata del Presidente de la República y su actuación es regulada a través del  Reglamento Orgánico Interno, el cual fue aprobado por medio del Acuerdo Gubernativo Número 430-2001, de fecha 18 de Octubre de 2001.

Dichos acuerdos, constituyen la base legal que le da sustento y obligatoriedad en la administración y aplicación de los propósitos, finalidades, objetivos, funciones y autoridad que le es conferida a la SEPAZ y a cada una de las Direcciones y Unidades que la conforman, dentro de la estructura organizacional.

La SEPAZ es una de las organizaciones que fueron integradas a la Comisión Presidencial por la Paz y los Derechos Humanos -COPREDEH-, al dejar de existir.

El 31 de julio de 2020, se publicaron en el Diario Oficial, los Acuerdos Gubernativos 97-2020, 98-2020 y 99-2020, en donde se derogaban los Acuerdos que crearon la Secretaría de Asuntos Agrarios de la Presidencia -SAA-, la Secretaría de la Paz -SEPAZ, y la Comisión Presidencial Coordinadora de la Política del Ejecutivo en Materia de Derechos Humanos -COPREDEH-. De acuerdo a los Acuerdos Gubernativos establecidos para ello, todos los registros, archivos y documentos de las dependencias mencionadas, deberán ser entregados a SEGEPLAN, quien será responsable de la administración, custodia y depósito de ésta, con el objeto de identificarla, clasificarla y resguardarla.

La Comisión Presidencial por la Paz y Derechos Humanos -COPADEH-, será la encargada de fortalecer la paz, promover y vigilar el respeto a los derechos humanos en lo que al Gobierno corresponde, así como dar atención a la conflictividad social en busca del desarrollo y la armonía de toda la población. Con la creación de la COPADEH, se unificaron las funciones que han desempeñado entidades como la COPREDEH, la SAA y la SEPAZ.