Las masacres fueron una estrategia para eliminar a grupos de población civil que se consideraban enemigos o de quienes se sospechaba podían tener vínculos con organizaciones guerrilleras. A muchas víctimas no sólo las mataron sino también torturaron y violaron sexualmente. 

En las masacres murieron hombres, mujeres, ancianos, niños, niñas y adolescentes. Es decir, estaban dirigidas a todos los miembros de las comunidades. Las autoridades militares seleccionaban un lugar, luego las tropas lo rodeaban y tomaban a la población por sorpresa, disparando a quien veían. A veces las reunían y las ejecutaban todas juntas (como cuando se incendiaba un lugar con personas adentro) o individualmente, matando uno a uno a las víctimas y depositando sus cuerpos en fosas comunes.

La Comisión de Esclarecimiento Histórico –CEH- registró un total de 626 masacres cometidas por las fuerzas de seguridad del Estado, de ellas, 420 ocurrieron en 18 meses (1981-1983). Fueron los meses donde se provocó más muertes, dolor y destrucción en la historia reciente del país. Una masacre es la ejecución arbitraria de más de cinco personas, realizada en un mismo lugar y como parte de un operativo, en el cual las víctimas no tienen posibilidades de defenderse. A la fecha, los equipos de antropólogos forenses han realizado exhumaciones en sitios donde se han encontrado más de 5 restos óseos en más de 1,400 lugares.

La mayoría de masacres registradas por la CEH fueron responsabilidad del Ejército. Como responsables también se señala a quienes idearon las estrategias militares y ordenaron que se realizaran. Una cantidad reducida de masacres también se atribuye a algunas organizaciones guerrilleras. El informe de la CEH registró 32 masacres cometidas por la guerrilla y establece que las organizaciones insurgentes fueron responsables del 3% de los casos registrados de violaciones a los derechos humanos.