Los Acuerdos de Paz señalaron la necesidad de conocer la verdad de lo sucedido, reparar los daños ocasionados y juzgar a los autores de los actos que habían sobrepasado los límites humanitarios. Al mismo tiempo se propuso que los resultados obtenidos en esclarecer los hechos no servían como prueba en los procesos legales. Días antes de la firma, la Comisión de Reconciliación Nacional del gobierno promovió la amnistía sobre determinados delitos cometidos durante el conflicto.
Dos años después, el Proyecto Interdiocesano Recuperación de la Memoria Histórica (REMHI) presentó los resultados de su investigación sobre los hechos del conflicto. Esta había surgido por la duda que había en muchos sectores y en la Iglesia católica sobre la comisión de verdad surgida del acuerdo firmado en 1994. Además, la Iglesia consideró la investigación como un acto de compromiso de su parte con las víctimas. Con algunas diferencias de enfoque respecto al documento de la CEH que sería conocido un año después, el informe Guatemala: nunca más señalaba el proceso de violencia vivido en el país, apoyado en testimonios de sobrevivientes. Pocos días después de ser presentado el informe, fue asesinado el obispo Juan Gerardi, responsable del proyecto. Un largo y confuso juicio siguió contra los acusa- dos del asesinato, ligados a la estructura militar.
El trabajo de la CEH presentó sus resultados en 1999 con el informe Guatemala, memoria del silencio, pero el gobierno argumentó que éste no ayudaba a la reconciliación. En el fondo estaba la crítica de los militares, sobre todo los de la Asociación de Veteranos Militares de Guatemala (Avemilgua), quienes señalaban que sus consideraciones no habían sido tomadas en cuenta por la CEH y que su informe era proclive a los guerrilleros, posición que fue acuerpada por algunos políticos, ex funcionarios y empresarios.
Los Acuerdos de Paz fueron suscritos por el Gobierno de Guatemala y la Unidad Revolucionaria Nacional Guatemalteca (URNG) con el fin de promover soluciones que sirvieron de base para la pacificación del país, son los siguientes:
Acuerdo 1: Acuerdo marco sobre democratización para la búsqueda de la paz por medios políticos. (Querétaro, México, 25 de julio de 1991).
Acuerdo 2: Acuerdo global sobre derechos humanos. México D.F., México, 29 de marzo de 1994.
Acuerdo 3: Acuerdo para el reasentamiento de las poblaciones desarraigadas por el enfrentamiento armado. Oslo, Noruega, 17 de junio de 1994.
Acuerdo 4: Acuerdo sobre el establecimiento de la Comisión para el esclarecimiento histórico de las violaciones a los derechos humanos y los hechos de violencia que han causado sufrimiento a la población guatemalteca. Oslo, Noruega, 23 de junio de 1994.
Acuerdo 5: Acuerdo sobre Identidad y Derechos de los Pueblos Indígenas. México D.F., México, 31 de marzo de 1995.
Acuerdo 6: Acuerdo sobre aspectos socioeconómicos y situación agraria. México D.F., México 6 de mayo de 1996.
Acuerdo 7: Acuerdo sobre el fortalecimiento del poder civil y función del Ejército en una sociedad democrática. México, D.F., México, 19 de septiembre de 1996.
Acuerdo 8: Acuerdo sobre el definitivo cese al fuego. Oslo, Noruega, 4 de diciembre de 1996.
Acuerdo 9: Acuerdo sobre reformas constitucionales y régimen electoral. Estocolmo, Suecia, 7 de diciembre de 1996.
Acuerdo 10: Acuerdo sobre bases para la incorporación de la Unidad Revolucionaria Nacional Guatemalteca a la legalidad. Madrid, España, 12 de diciembre de 1996.
Acuerdo 11: Acuerdo sobre el cronograma para la implementación, cumplimiento y verificación de los acuerdos de paz. Guatemala, Guatemala, 29 de diciembre de 1996.
Acuerdo 12: Acuerdo de paz firme y duradera. Guatemala, Guatemala, 29 de diciembre de 1996.
